Эти две строки являются проблемой в вашем коде
services.AddAuthentication("Bearer")
services.AddAuthentication(CertificateAuthenticationDefaults.AuthenticationScheme)
Вы переопределяете схему аутентификации по умолчанию для сертификата.
Вам просто нужно добавить аутентификацию сертификата
services.AddAuthentication("Bearer")
.AddIdentityServerAuthentication(options =>
{
options.Authority = "<baseaddress>";
options.ApiName = "<API>";
})
.AddCertificate(options =>
{
...
}
И использовать этот код для аутентификации с сертификатом
httpContext.AuthenticateAsync(CertificateAuthenticationDefaults.AuthenticationScheme);