Я искал точно такую же проблему и нашел решение:
devtools::install_github("r-spatial/lwgeom")
По причинам, которые я не могу понять, кажется, что версия CRAN не ладит с Ubuntu, но устанавливает ее via devtools позволил мне сначала установить lwgeom, а затем tmaptools без проблем. Надеюсь, это поможет!