WordPress хаки, как правило, больше о сборе информации из WordPress.
Каждый раз, когда вы получаете подобное предупреждение, оно должно сообщить вам, где проблема.
Однако я бы установил Wordfence на ваши локальные сайты и запустил сканирование. Он будет сравнивать основные файлы et c с тем, что находится в репо, и сообщит вам. Он получит около 99%, если не будет нулевого дня.