Я думаю, вы могли бы построить несколько раз, один раз для обеих голов и линии, затем снова для одной головы. Я назначил каждому новому статусу свой цвет, а затем снова нарисовал одну точку другим цветом
x=(1,2,3,4,5,1,2,3,4,5)
y=(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)
status=[0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]
new_status=[3,0,0,2,0,0,0,0,4,1]
colours =['r', 'b', 'g', 'y', 'c']
y16 = (y[0], y[5])
x16 = (x[0], x[5])
plt.plot(y16 ,x16, marker='o', color=colours[new_status[0]])
plt.plot(y[5], x[5], marker='o', color=colours[new_status[5]])
y28 = (y[7], y[1])
x28 = (x[7], x[1])
plt.plot(y28, x28, marker='o', color=colours[new_status[7]])
plt.plot(y[1], x[1], marker='o', color=colours[new_status[1]])
y37 = (y[2], y[6])
x37 = (x[2], x[6])
plt.plot(y37, x37, marker='o', color=colours[new_status[2]])
plt.plot(y[6], x[6], marker='o', color=colours[new_status[6]])
y410 = (y[3], y[9])
x410 = (x[3], x[9])
plt.plot(y410, x410, marker='o', color=colours[new_status[3]])
plt.plot(y[9], x[9], marker='o', color=colours[new_status[9]])
y59 = (y[4], y[8])
x59 = (x[4], x[8])
plt.plot(y59, x59, marker='o', color=colours[new_status[4]])
plt.plot(y[8], x[8], marker='o', color=colours[new_status[8]])
plt.show()