Сделайте простую дендрограмму, используя иерархическую кластеризацию

Question

У меня есть простая матрица расстояний как таковая:

I tried making my own distance matrix:

 distances=matrix(c(0,  6.32,  11.3,     1,    10,  5.66,  4.24,
           6.32,     0,  6.32,  6.08,     6,  2.83,  3.16,
           11.3,  6.32,     0,  10.6,     2,  5.66,  7.07,
           1,  6.08,  10.6,     0,  9.22,     5,  3.61,
           10,     6,     2,  9.22,     0,  4.47,  5.83,
           5.66,  2.83,  5.66,     5,  4.47,     0,  1.41,
           4.24,  3.16,  7.07,  3.61,  5.83,  1.41,     0),nrow=7,   ncol=7, byrow = TRUE)

But this doesn't cluster

    > hc <- hclust(distances)
Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

Я хотел бы создать дендрограмму, основанную на измерении наименьшего расстояния между кластерами. Если конечный продукт выглядит следующим образом:

Есть идеи? Помощь будет оценена!

Answer 1

Для ввода hclust требуется a dissimilarity structure as produced by ‘dist’, с помощью матрицы вы можете преобразовать его в объект 'dist', а затем hclust и построить график:

plot(hclust(as.dist(distances)))