Причина, по которой функция len () вернула вам результат - 5, потому что когда вы используете set (), она удаляет дублирующиеся записи, поэтому в вашем случае она считает 40 40 и 100 100 как одну запись, чтобы избежать этого, вы можете просто использовать список () без набора ()
scores = list(map(int, input().split()))
l = len(scores)
print(l)
или
*scores, = map(int, input().split())
l = len(scores)
print(l)