Я не нашел способ отключить это предупреждение. Однако существует обходной путь: при увеличении значения параметра Git: Detect Submodules Limit
до значения, превышающего количество подмодулей, предупреждение не отображается.
Например, при установке параметров кода VS устанавливается ограничение 30. json файл:
{
"git.detectSubmodulesLimit": 30
}