Разобрался сам.
На всякий случай, если кто-то столкнется с той же проблемой. Я пытался получить доступ к папкам с помощью автоматически сгенерированного клиента администратора. Очевидно, что у этого типа клиента нет полномочий для получения списков папок.
Вы должны получить корпоративных пользователей и создать экземпляр пользовательского объекта клиента с идентификатором пользователя.
var boxUsers = await adminClient.UsersManager.GetEnterpriseUsersAsync();
var user= boxUsers
.Entries
.FirstOrDefault(x => x.Login.Contains("user"));
var cli = new BoxClient(config, auth, asUser: user.Id);
try
{
var fold = await cli
.FoldersManager
.GetFolderItemsAsync("0", 500, fields: new string[] { BoxCollection.FieldEntries, BoxItem.FieldName, BoxItem.FieldSharedLink, BoxItem.FieldPathCollection });