Я получил то же сообщение об ошибке, используя TinyTex вместо MiKTex. Как и вы, я также очень много деинсталлировал и устанавливал его снова, но я думаю, что в принципе уже достаточно переустановить TinyTex (если сообщение об ошибке происходит от pdflatex.exe).
Итак, remove.packages("tinytex")
, go в папку C:/Users/username/AppData/Roaming/TinyTex
и убедитесь, что вы также удалили / удалили ее.
При повторной установке tinytex следуйте инструкциям, описанным здесь: https://yihui.org/tinytex/