Единственный способ, о котором я могу думать, - это использовать новый пустой проект Ioni c.
Создать проект с помощью команды ioni c start myApp blank. Это создаст все, что нужно Ioni c & Cordova. Затем скопируйте ваши файлы в этот проект вручную. Поскольку Ioni c использует Angular, вам не нужно вносить серьезные изменения.