См. Модуль подпроцесса для всех ваших потребностей вызова внешнего процесса.
p = subprocess.Popen(['myjavaapp', 'afilename.txt'])
Если вам нужно получить относительное местоположение, и вы не уверены, как другая команда примет его, сделайте его абсолютным.
p = subprocess.Popen(['myjavaapp', os.path.abspath('afilename.txt')])