Если ваша задача запуска зависит от задачи «сборки», то Gradle поступит правильно. Он перекомпилируется, если какой-либо зависимый файл был изменен. Если ничего не изменилось, Gradle будет использовать свою последнюю проверку, чтобы пропустить все задачи компиляции, jar et c.