Один из вариантов:
$root = __DIR__;
$ignore = ['.', '..', 'vendor'];
foreach(scandir($root) as $dir) {
if (!in_array($dir, $ignore)) {
$dir = $root . DIRECTORY_SEPARATOR . $dir;
if (is_dir($dir)) {
foreach(glob("$dir/*.php") as $file) {
require_once $file;
}
}
}