Emacs из коробки ничего не открывает сам по себе при запуске. Вы, вероятно, используете какой-то пакет (внутренний или внешний), который предлагает эту функцию. Может быть, desktop-save-mode? Например, я использую рабочие группы2. Открывается при запуске, все, что было открыто при выходе. Но это означает, что все, что я закрываю перед выходом, не будет открыто при запуске. Я очень рекомендую рабочие группы2.