Есть способ программно скрыть выделенное окно - используйте FreeConsole.
Кнопка X на консоли alloc'd работает как кнопка X на вашей WinForm - она будет вызывать событие Form_Closing (), я полагаю.
Вам потребуется некоторая логика в этом обработчике событий, чтобы решить, действительно ли закрыть форму или нет.Одна из возможностей: захватить положение мыши и посмотреть, находится ли оно внутри ограничительной рамки для формы.Если это так, то решите, что щелкнул X формы, и закройте приложение.Если мышь НЕ находится внутри формы, то решите, что консоль X была нажата, и вызовите FreeConsole.
Я не пробовал это.