Итак, во время создания библиотеки я могу избежать помещения символа в библиотеку libdy2.so или наоборот, если он уже присутствует в другой библиотеке
Да, динамически связывая одну библиотеку с другой. Зависимому не нужны символы, которые он находит у зависимого лица.
Если вы не хотите, чтобы одна библиотека полностью зависела от другой, вы можете вместо этого разделить общие части на третью библиотеку, и сделать обе библиотеки зависимыми от общей.