IE всегда имел очень медленную реализацию DOM. Даже IE8 примерно в 4 или 5 раз медленнее с DOM, чем любой другой текущий браузер. Люди, заинтересованные в эффективности сайта, доказывают это снова и снова.
Псевдо-селектор CSS: hover требует определенного объема обработки браузером, чтобы правильно отобразить его на нужном элементе. Так что да, IE может бороться.
Если вы делаете больше, чем вы указали выше при наведении курсора (скажем, вы на самом деле показывали / скрывали элемент, изменяли размер чего-либо), это вызовет перевыполнение страницы, когда нужно будет пересчитать ВЕСЬ ДОМ, и это будет быть ДЕЙСТВИТЕЛЬНО медленно.