У меня есть некоторые javascript, которые запускаются в готовом документе, но это не вызывается, когда изменения вносятся в модалы администратора. Как я могу гарантировать, что эти функции вызываются в апострофе cms?
Вам необходимо использовать событие Apostrophe ready:
ready
apos.on('ready', function() { // Do it here });
Это событие запускается как при загрузке страницы, так и при внесении изменений в модалы администратора.