Решено перезагрузкой :)
Я использую arch linux.
Я запускаю Spring Batch Job в приложении-задаче SCDF (Spring Cloud Dataflow). Все приложения SCDF работают как микросервисы в контейнерах docker. Я начал их с docker -compose. Я начал получать исключение Nullpointer в FaultTolerantChunkProcessor. java даже при возврате к ранее работающей версии моего кода.
Тем временем я обновил свою систему ...
... когда я перезагружался, все снова работало нормально.
Я подозреваю, что это произошло из-за того, как docker взаимодействует с моей ОС.