Клиентский инструмент "systemctl" мало что делает. Он ищет сокет для связи с демоном systemd, работающим на PID 1, т.е. с программой, которую вы запускали из ENTRYPOINT. Если вы удалили службу systemd, вы получите такую ошибку.
Если вы хотите использовать контейнер, например, виртуальную машину, то может быть лучше запустить другой диспетчер служб на PID-1. В качестве примера можно привести службу docker -systemctl-replace .
Мне было хорошо переносить приложения в контейнеры, которые на самом деле не предназначались для этого.