JBoss EAP 4.3 использует совершенно другую реализацию JMS (JBoss Messaging), чем 4.0.5 (которая использует JBossMQ). Дело не только в переносе конфигурации, эти две системы сильно различаются и могут потребовать повторной реализации клиентского кода JMS. В любом случае, ваша конфигурация потребует полного переписывания.
Из-за этого RedHat по-прежнему поддерживает EAP 4.2, последнюю версию для использования JBossMQ, и должна облегчить вам переход с JBoss 4.0.5. Они все еще выпускают патчи для EAP 4.2. В основном, если вы хотите использовать JBossMQ, вы используете EAP 4.2, если вы хотите JBossMessaging, используйте EAP 4.3