Посмотрите на VSItanium . Из описания:
Плагин VSItanium для Visual Studio .NET 2003 позволяет компилировать проекты Win32 Visual C ++ с несколькими внешними компиляторами, фактически с 64-битным компилятором Microsoft SDK и AMD Opteron, а также компилятором Intel C ++ Itanium.
Относительно выбора компилятора - если переход на более новую версию VS не возможен из-за использования cl 13 (VS 2005 использует cl 14), вы сможете найти cl 13, поддерживающий IA-64 и amd64, в WDK 3790.1830, IIRC. Должен быть старый SDK с 64-битной поддержкой cl 13, но я не знаю, какой именно.
Если ваш проект работает нормально с новыми компиляторами, вы в основном имеете свободный выбор версий WDK и SDK.