Ничего себе. Да, это необычно. Моей первой мыслью было, что бит MOD_PHP в Apache, должно быть, каким-то образом облажался (или эквивалент в любом веб-сервере, который вы используете), или что он связывался с неправильным типом MIME, или чем-то ... Но так как php isn t (без интерпретатора) скомпилированный код, если бы он был действительно fubared, вы бы просто увидели простой текст или вообще ничего, а не двоичный бред. Больше похоже на то, что сервер обрабатывает .php как бинарный тип файла.
Я бы очистил пакеты и установил их снова. Была ли оригинальная установка из «стандартных» пакетов или кто-то скомпилировал их из исходного кода? Если они были скомпилированы в первый раз, возможно, кто-то установил параметры, которые не были заданы в официальных пакетах, что может стать причиной вашей проблемы.
Это может быть какой-то проблемой кодирования, но, поскольку вы только что обновили эти пакеты, я бы начал с них.