Считать файл как вектор строк:
file_path <- "foo.SAM"
fh <- file(file_path)
file_content <- readLines(fh)
close(fh)
Редактировать вектор строки:
new_content <- file_content[-c(24, 25, 26), ]
Записать свернутый вектор строки обратно на диск:
cat(paste0(new_content, collapse="\n"), file="foo.SAM", "\n")