Я пытаюсь выяснить, существует ли связь между соотношением целевых и нецелевых видов в некоторых сообществах и их филогенетической структурой c. Я не могу показать вам реальные данные, но это выглядит примерно так (хотя у меня более 18000 точек данных и «hab» имеет 12 уровней):
df <- structure(list(hab = structure(c(6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L,12L, 12L, 9L),
.Label = c("Eur_nitro_herb", "Forest_deciduous","Forest_everg_Eur",
"Forest_med", "Grass_alp", "Grass_mont_subalp","Margin_mantle", "Med_nitro_herb", "Rocks", "Shrub_med", "Shrub_mont_subalp","Wet_humid"), class = "factor"),
ses_mpd = c(0.05408747785078,-0.578266990137644, -1.48812316684822, -0.345401572814568, 0.124151290090708,-1.51817069020564, 0.0530607986221243, 0.00261416940904258, 0.665908557766837,-0.701477005797007),
target = c(1, 2, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1),non_target = c(32, 27, 20, 30, 34, 26, 30, 9, 12, 6)), row.names = c(1L,2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 18793L, 18794L, 18795L), class = "data.frame")
df
ses.mpd, рассчитанный пакетом picante: Эффект стандартизированного размера, поэтому он может принимать как положительные и отрицательные значения, так и ноль. Я хочу видеть взаимосвязь между целевым и нецелевым с помощью ses_mpd, контролирующего возможные различия между местами обитания. Для этого я использовал обобщенную линейную смешанную модель, но когда я проверяю остатки, они выглядят довольно искаженными:
library(lme4)
mod<-glmer(cbind(target,non_target)~ses_mpd+(1|hab), family = binomial(logit), data = df)
plot(mod, resid(., type='response')~fitted(.), main="Normalized Residuals v Fitted Values",abline=c(0,0))
res <- resid(mod, type="response")
qqnorm(res)
qqline(res)
Учитывая большой размер выборки, я ожидал, что остатки будут нормальными, но я был явно неправ. Я полагаю, что этим результатам нельзя доверять, поэтому мой вопрос в том, есть ли другой способ проанализировать эти данные.
Приветствия и заранее спасибо.