Папка .git является вашим хранилищем. При удалении этой папки ваш локальный репозиторий удаляется. Вы можете восстановить эту папку только тогда, когда вы используете свою резервную копию и восстанавливаете эту папку или снова клонируете репозиторий, но затем ваши изменения до последнего выданного коммита удаляются.