Я думаю, что наибольшим преимуществом является то, что matplotlib основан на Python, о котором, как вы говорите, вы уже знаете. Таким образом, это один язык меньше, чтобы учиться. Просто потратьте время на освоение Python, и вы получите выгоду как непосредственно для задачи по рисованию, так и косвенно для других ваших потребностей Python.
Кроме того, IMHO Python является более богатым языком, чем R, с гораздо большим количеством библиотек, которые могут помочь для различных задач. Вы должны получить доступ к данным для построения графиков, и данные поступают во многих формах. В какой бы форме он ни появился, я уверен, что в Python есть эффективная библиотека для него.
А как насчет встраивания этих графиков в более полные программы, скажем, простые графические интерфейсы? matplotlib легко связывается с библиотеками Python GUI (например, PyQT), и вы можете создавать вещи, которые ограничены только вашим воображением.