Если я правильно понимаю, вот пример того, как вы могли бы создать второй столбец в кадре данных с соответствующим значением из матрицы.
A<-matrix(c(1:16), nrow = 4)
colnames(A)<-c("a","b","c","d")
rownames(A)<-c("a","b","c","d")
b<-as.data.frame(matrix(c("a","b","c","d")))
for (i in 1:nrow(B)){
b[i,2]<-A[b[i,1],b[i,1]]
}
b