Как выделить курсивом только имена генов в моей тепловой карте (используя R)? - PullRequest
Новая
       73

Как выделить курсивом только имена генов в моей тепловой карте (используя R)?

0 голосов
/ 12 февраля 2020

Я делаю тепловую карту в R (gplots), и я хотел бы выделить курсивом только мои имена генов (в моем примере - gene1, gene2 и gene3). Например: 

df <- data.frame(Gene = c ("gene1", "gene2",  "gene3"), value = c(3, 2, 2.5), time = c("10d","10d","10d"))
gplots::heatmap.2(cbind(df$value, df$value), trace= "none", Colv = NA, labCol = "", labRow = df$Gene, Rowv=FALSE)

Я пытался (не работал): 

df <- data.frame(Gene = c ( expression(italic("gene1", "gene2",  "gene3"))), value = c(3, 2, 2.5), time = c("10d","10d","10d"))

или 

df <- data.frame(Gene = expression(italic(c ("gene1", "gene2",  "gene3"))), value = c(3, 2, 2.5), time = c("10d","10d","10d"))

Есть предложения?

1 Ответ

2 голосов
/ 12 февраля 2020

Это будет сделано программно: 

gene_list <- as.character(df$Gene)

make_italics <- function(x) {
  as.expression(lapply(x, function(y) bquote(italic(.(y)))))
}

heatmap.2(
  cbind(df$value, df$value),
  trace = "none",
  Colv = NA,
  labCol = "",
  labRow = make_italics(gene_list),
  Rowv = FALSE
)
...