Я пытаюсь измерить Fst из моих данных генотипа в формате vcf, используя пакет Hierfstat. Я добавил файл vcf с функцией vcfr, преобразовал его в genind и попытался назначить группы населения (мой исходный набор данных индивидуален), используя следующий скрипт:
data <- read.vcfR("m20.vcf")
genind <- vcfR2genind(data)
pop(genind) <- factor(c(rep(1,7), rep(2,1), rep(1,1), rep(2,2), rep(1,2), rep(2,1), rep(1,1), rep(2,2), rep(1,9), rep(3,35)))
при попытке вычислить Fst, я получаю ошибку ниже :
fstat(genind)
Error in solve.default(k, meansq) :
Lapack routine dgesv: system is exactly singular: U[1,1] = 0
как мне это исправить?
или какое-нибудь лучшее решение для вычисления fst для нематричного набора данных?