Слишком много деталей отсутствует, чтобы дать вам точный ответ, но задача выполнима в R. Пожалуйста, предоставьте копию одного из ваших файлов .DATA, и вы получите пригодные для использования ответы. Ниже приведен некоторый непроверенный код, который, я считаю, будет работать на основе вашего описания.
setwd("C:\\Users\\...Path to your data")
DataFileNames <- list.files(pattern="\\.data$")
Datafiles <- lapply(DataFileNames, read.table, sep="\t")
Transposed <- lapply(Datafiles, t)
lapply(1:length(Datafiles), function(x) write.table(Transposed[x], DataFileNames[x]))