Если вы соберете новый пакет развертывания и установите файл «исправления» в качестве одного из его предварительных условий, вы сможете получить результат, когда пользователю потребуется установить исправление до того, как пользователь установит обновленную версию ваше приложение.
Однако я склонен думать, что ошибка в .NET Framework должна выходить за рамки требований поддержки вашего приложения ClickOnce. Если это приложение для интрасети, вам, вероятно, следует поработать со своим ИТ-отделом, чтобы отдельно установить исправление для своих пользователей.
Если ваше приложение ClickOnce находится в Интернете, однако, либо предложите JaredPar (проверка / диалог внутри запуска вашего приложения, чтобы увидеть, установлено ли исправление или нет), либо просто уведомление на вашем сайте со ссылками на исправление должно быть достаточно.