Если вы настаиваете на использовании re
:
s = '12 123 1234 12345 123456 1234567 12345678 00111222333444555666'
s2 = ''
while s != s2:
s2 = s
s = re.sub(r'(\d)(\d{3}\b)', r'\1,\2', s2)
print(s)
отпечатков
12 123 1,234 12,345 123,456 1,234,567 12,345,678 00,111,222,333,444,555,666