InputStream является двоичным и не должен заботиться о нулях. Итак, проблема в преобразовании данных в текст, но вы не показали код, который вы используете для преобразования.
Вы можете вручную пропустить / заменить нули:
var outstream = new StringStream();
var b;
while ((b = http.InputStream.ReadByte()) != -1)
if (b != 0)
outstream.Write(b);
и теперь вы получили поток без нулей (конечно, вы можете читать в блоках и т. Д., Если хотите).