Nanostat - ImportError: модуль dynamici c не определяет функцию экспорта модуля (PyInit_multiarray) - PullRequest
0 голосов
/ 20 апреля 2020

Я установил NanoStat с помощью conda, но всякий раз, когда я пытаюсь запустить его, я получаю сообщение об ошибке ниже. Я прочитал несколько тем, но, похоже, не могу решить эту проблему. Похоже, что он пытается вызвать numpy из каталога, не входящего в conda. Как мне сделать, чтобы поиск numpy в /hb/groups/bernardi_lab/programs/miniconda3/pkgs/.

Ошибка:

Traceback (most recent call last):
  File "/opt/ohpc/pub/libs/gnu/numpy/1.12.1/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 16, in <module>
    from . import multiarray
ImportError: dynamic module does not define module export function (PyInit_multiarray)

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "/hb/groups/bernardi_lab/programs/miniconda3/envs/nanostat/bin/NanoStat", line 6, in <module>
    from nanostat.NanoStat import main
  File "/hb/groups/bernardi_lab/programs/miniconda3/envs/nanostat/lib/python3.7/site-packages/nanostat/NanoStat.py", line 33, in <module>
    from nanomath import write_stats
  File "/hb/groups/bernardi_lab/programs/miniconda3/envs/nanostat/lib/python3.7/site-packages/nanomath/__init__.py", line 1, in <module>
    from .nanomath import *
  File "/hb/groups/bernardi_lab/programs/miniconda3/envs/nanostat/lib/python3.7/site-packages/nanomath/nanomath.py", line 22, in <module>
    import numpy as np
  File "/opt/ohpc/pub/libs/gnu/numpy/1.12.1/lib64/python2.7/site-packages/numpy/__init__.py", line 142, in <module>
    from . import add_newdocs
  File "/opt/ohpc/pub/libs/gnu/numpy/1.12.1/lib64/python2.7/site-packages/numpy/add_newdocs.py", line 13, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/opt/ohpc/pub/libs/gnu/numpy/1.12.1/lib64/python2.7/site-packages/numpy/lib/__init__.py", line 8, in <module>
    from .type_check import *
  File "/opt/ohpc/pub/libs/gnu/numpy/1.12.1/lib64/python2.7/site-packages/numpy/lib/type_check.py", line 11, in <module>
    import numpy.core.numeric as _nx
  File "/opt/ohpc/pub/libs/gnu/numpy/1.12.1/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 24, in <module>
    raise ImportError(msg)
ImportError: 
Importing the multiarray numpy extension module failed.  Most
likely you are trying to import a failed build of numpy.
If you're working with a numpy git repo, try `git clean -xdf` (removes all
files not under version control).  Otherwise reinstall numpy.

Я попытался удалить и установить наностат и numpy, но у меня, похоже, возникла та же проблема.

При поиске numpy в моей среде, используя conda list, он показывает numpy для python 3.7

(nanostat) [rgatins@hummingbird Big_Files]$ conda list | grep numpy
numpy                     1.18.1           py37h4f9e942_0  
numpy-base                1.18.1           py37hde5b4d6_1  

, но при запуске команды, похоже, захватывает другую версию numpy с python 2.7.

Есть предложения, как это решить?

Спасибо!

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...