<body><![CDATA[]]></body>
или
<body></body>
Есть ли разница или недостаток у каждого? Нужно ли что-то делать при разборе XML? Что вы предпочитаете?
Что касается синтаксического анализатора XML, разницы нет. Если вы хотите принудительно создать CDATA во время вывода XSLT, существует опция (cdata-section-elements), которая может использоваться для вывода определенных элементов CDATA.