Я получил ответ от службы поддержки JRebel. JRebel имеет очень хорошую поддержку, как сказал mckszcz.
Это реле
Настоящий файл JAR не изменяется, потому что JRebel не изменяет содержимое файла JAR, который находится на вашем удаленном сервере. Мы следим за изменениями, которые вы внесли в целевую папку, которая находится в IntelliJ, поэтому, чтобы окончательно сохранить ваши изменения, вы должны перестроить свой проект, прежде чем закрыть его, чтобы перезаписать содержимое реального файла JAR.