Мне удалось решить эту проблему. Однако прежде чем перейти к решению, хочу упомянуть, что столкнулся с этой проблемой только на iOS13 и с тихими уведомлениями. Тот же код работал с iOS12 с той же функцией.
Наше приложение имеет отдельный экран для запроса разрешений уведомлений при первом запуске приложения. На этом этапе мы регистрируем устройство для уведомлений. В следующий раз, когда приложение будет запущено, мы больше не показываем этот экран. Чтобы заставить его работать на ios13, нам приходилось каждый раз заново регистрироваться в APNS в didFinishLaunchingWithOptions AppDelegate. Опять же, на iOS12 тихие уведомления работали без перерегистрации в APNS, но на iOS13 мы должны перерегистрироваться каждый раз.
Надеюсь, это поможет кому-нибудь еще столкнуться с этой проблемой.