Вместо того, чтобы делать это
Instantiate(prefab, new Vector3(i * 2.0F, 0, 0), Quaternion.identity);
do
предположим, что ваш скрипт называется MyScript.cs
public static GameObject prefabSpawned;
...
prefabSpawned = Instantiate(prefab, new Vector3(i * 2.0F, 0, 0), Quaternion.identity);
, тогда, если Вы хотите деактивировать его в любой момент, выполните
MyScript.prefabSpawned.SetActive(false);
Преимущество этого метода заключается в том, что вы можете отключить префаб из любого скрипта, а не только из скрипта, из которого вы его создали.