Вы можете изменить ярлык приложения для фактического запуска сценария оболочки и просто добавить команду START в конец сценария, чтобы он запускал программу после завершения.
IE: измените ярлык блокнота с% SYSTEMROOT% \ Windows \ Notepad.exe на c: \ launchNotepad.bat и сделайте launchchnotepad.bat похожим на
COPY importantfile.txt importantfile.txt.bak
START %SYSTEMROOT%\Windows\Notepad.exe importantfile.txt