Вам просто нужно stack
фрейм данных:
df = pd.read_excel('excelfile.XLSX', index_col=0, header=None)
df = df.stack().rename('Amount').reset_index()
df.to_csv('csvfile.csv', index=False)
Полученный CSV-файл будет:
EmployeeId,ConceptId,Amount
1,32,44.0
1,33,56.0
3,33,44.0
3,34,5.0
3,35,5.0
4,31,445.0
4,32,5.0
5,33,65.0
5,34,56.0
5,35,65.0