Звучит так, как будто у вас есть некоторые специфичные для проекта файлы, а затем несколько файлов, применимых к нескольким проектам, поэтому вы хотите сохранить их в хранилище таким образом, чтобы вам не приходилось дублировать их в каждом проекте директория.
Решение состоит в том, чтобы хранить все эти каталоги параллельно, и для каждого проекта найдите конкретную комбинацию каталогов, которая вам нужна. Макет может не соответствовать тому, что необходимо для сборки проекта, но это не работа Subversion - это работа вашего скрипта сборки. Напишите сценарий сборки, который объединяет библиотеки, специфичные для проекта и независимые от проекта, в желаемом макете.