Хм, кажется, что hg делает что-то очень странное. Я предполагаю, что у него совершенно неверное представление о том, как отображать цвет, но не должно быть никаких причин для того, чтобы он делал что-то другое в tmux, чем screen.
Что означает echo $TERM показать внутри tmux перед запуском hg? Что это показывает вне tmux?
Вы создали .hgrc или подобный файл конфигурации? Что в нем?
Это то же самое, если вы делаете \hg --pager never --color always status?
Что показывает \hg --pager never --color always status|od?