Мне пришлось добавить строку imagecolortransparent ($ im, $ alphabg); на следующий код (взят из предыдущего ответа), чтобы это работало:
// Fill with alpha background
$alphabg = imagecolorallocatealpha($im, 0, 0, 0, 127);
imagecolortransparent($im, $alphabg);
imagefill($im, 0, 0, $alphabg);
// Convert to palette-based with no dithering and 255 colors with alpha
imagetruecolortopalette($im, false, 255);
imagesavealpha($im, true);
// Save the image
imagepng($im, './paletteimage.png');
imagedestroy($im);
?>