Похоже, вы захотите начать с Core Audio Framework: http://developer.apple.com/IPhone/library/documentation/MusicAudio/Conceptual/CoreAudioOverview/
Похоже, что нет полной информации об алгоритме автонастройки, но хорошим началом было бы использование быстрого преобразования Фурье для анализа высоты тона, чтобы определить, на какой высоте твой звук на самом деле. Относительно просто сменить высоту звука с того, что нужно. Например, А составляет 440 Гц. Предполагая, что на самом деле входной сигнал равен 466.164 (A #), и вы хотите, чтобы он был A, вы настраиваете сигнал на 0.94387383 (440 / 466.16400). A # становится A.
Если вы хотите добиться эффекта автонастройки, вам нужно разделить запись на крошечные аудиоклипы, которые вы можете перенастроить по отдельности.
Подробнее об обнаружении высоты тона: http://en.wikipedia.org/wiki/Pitch_detection_algorithm