Я не уверен, какую библиотеку json вы используете, но она выглядит как jsonlite:
library(jsonlite)
json_data <- lapply(list.files(pattern = "*.json"), read_json)
json_data2 <- lapply(list.files(pattern = "*.json"), fromJSON)
Чтобы сохранить имена ваших файлов в виде записей списка, вы можете сделать:
names(json_data) <- list.files(pattern= "*.json")
# OR
json_data3 <- sapply(list.files(pattern="*.json"),FUN = read_json,
simplify = FALSE,USE.NAMES = TRUE)