Добавьте отсутствующие переменные и установите все значения в NA:
setdiff(names(nhanes), names(nhanes2))
#[1] "RIDEXAGY"
nhanes2$RIDEXAGY <- NA
setdiff(names(nhanes), names(nhanes3))
#[1] "RIDEXAGY"
nhanes3$RIDEXAGY <- NA
totalnhanes <- rbind(nhanes,nhanes2,nhanes3) # Works. :)