Ответил на мой собственный вопрос после дальнейшего копания.
Я запустил статистику в / opt / gitlab / embedded / postgresql / 10 / bin / postgres, и она показала, что она действительно изменилась, когда мы сделали upgrade.
Затем я запустил lsof и увидел, что у процесса postgres этот двоичный файл был открыт с маркером (удален), что означает, что предыдущий файл все еще был открыт в памяти.
I запустил gitlab-ctl stop и gitlab-ctl start, и теперь он правильно показывает, когда я делаю gitlab-rails dbconsole.
Должен был сделать все это первым!