Вы можете использовать numpy.squeeze
для удаления 1 затемнения из массива
>>> np.squeeze(Xy)
array([[ 0.3609, 0.2378, 0. ],
[-0.2432, -0.2043, 1. ],
[ 0.3081, -0.2457, 1. ],
...,
[ 0.311 , 0.03 , 1. ],
[-0.0572, -0.317 , 1. ],
[ 0.3026, 0.1829, 1. ]])
Или изменить форму, используя numpy.reshape
>>> Xy.reshape(4000,3)
array([[ 0.3609, 0.2378, 0. ],
[-0.2432, -0.2043, 1. ],
[ 0.3081, -0.2457, 1. ],
...,
[ 0.311 , 0.03 , 1. ],
[-0.0572, -0.317 , 1. ],
[ 0.3026, 0.1829, 1. ]])
>>>