Я не думаю, что вы можете (или должны) отключить создание папки, так же, как с папкой nbproject, созданной NetBeans (они, вероятно, служат аналогичным целям) и в этом отношении любой .svn или другой папки, связанные с контролем исходного кода. То, что все еще работает, может означать, что вы еще не достигли того места, где он сломается (или, может быть, RubyMine просто создаст fodler снова, если вы удалили его, и это нужно?).
А с чего бы вы этого хотели? Вы почти наверняка не хотите, чтобы они были в управлении исходным кодом, но это просто вопрос установки свойства ignore, что не является большой трудностью.
Почему бы не спросить парней из RubyMine ? Они были очень полезны, когда у меня возникла проблема.